한편 국토교통부는 전북특별자치도 등 관계기관 및 전문가들과 구성한 협의체를 통해 항소심에도 적극 대응 중이다.
국토교통부는 1차 변론(3.11)에서 국가균형발전을 위한 새만금국제공항의 필요성 등 항소이유를 설명했으며, 2차 변론(5.13 예정)에서는 조류 충돌 위험성 및 환경영향, 경제성 등에 대한 국토교통부의 의견을 개진할 계획이다.

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